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Tutti sono entusiasti riguardo a "AI for Science." nel 2025! Alla fine dell'anno, permettetemi di condividere il mio disagio e ottimismo, specificamente riguardo a AI e biologia.
Dopo aver trascorso un altro anno immerso nei modelli biologici fondamentali, nell'AI per la salute e nella scoperta di farmaci, ecco 3 lezioni che ho appreso nel 2025.
1. La biologia non è "solo un'altra modalità."
Il più grande fraintendimento che vedo ancora:
"La biologia è testo + immagini + grafici. Basta scalare i trasformatori."
No. La biologia è causale, gerarchica, stocastica e incompleta in modi in cui il linguaggio e la visione non lo sono.
I token non corrispondono pulitamente alla realtà.
Le etichette sono scarse, distorte e spesso errate.
La verità di base è condizionale, dipendente dal contesto e talvolta inconoscibile.
Abbiamo fatto progressi reali: modelli a singola cellula, imaging, genomica, EHR sono finalmente modellati congiuntamente—ma la dura verità è questa:
La maggior parte dei segnali biologici non sono problemi supervisionati in attesa di migliori funzioni di perdita.
Sono problemi guidati da interventi. Richiedono perturbazioni, controfattuali e meccanismi, oltre alla semplice previsione.
Scalare ovviamente aiuta. Ma senza una struttura causale, scalare ti dà principalmente correlazioni più nitide.
Il 2025 ha rafforzato la mia convinzione che i modelli biologici fondamentali devono essere costruiti attorno a perturbazione, incertezza e azionabilità, non solo apprendimento della rappresentazione.
2. I benchmark stanno trattenendo la biologia più del calcolo.
Siamo onesti: il benchmarking in AI e biologia è ancora rotto.
Tutti riportano SOTA. Ognuno sceglie un diverso sottoinsieme di dati.
Ognuno ottimizza per una metrica diversa. Ognuno evita la validazione prospettica....

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